Christian Wagner est né en 1959 dans l'Allgäu (Bavière). Lycéen, il tourne un premier long-métrage en Super 8. Etudes (littérature allemande contemporaine, arts de la scène et psychologie) à Munich. Ne pouvant intégrer une école de cinéma, il décide d'aborder la réalisation de films en autodidacte. Premier succès avec "Eingeschlossen frei zu sein" (1984), oeuvre en 16 mm plusieurs fois primée.
Avec d'autres jeunes cinéastes allemands: Nico Hofmann, Jan Schütte, Werner Penzel, Werner Penzel, D. et F.Dubini , il fonde en 1985 une coopérative de distribution indépendante: "Der andere Blick" (l'autre regard). La véritable percée au cinéma vient avec "Wallers letzter Gang" ("Le dernier chemin de Waller) qui obtient le Prix de la critique allemande; le Prix fédéral (argent) du cinéma allemand ainsi que le Prix bavarois du cinéma; sélection pour le Prix du cinéma européen - Mention d'honneur - Caméra d'Or/Cannes1989.

En 1995, son deuxième long métrage, "Transatlantis" fait partie de la sélection officielle au Festival de Berlin.

Depuis, il a notamment réalisé "Dix jours de folie" et "Ghettokids" (sélection pour le Prix Adolf Grimme notamment). Après "Zita", " L'enfant de la guerre" est le deuxième volet de la trilogie de Christian Wagner sur les Balkans. "L’Enfant de la guerre" s’est vu attribuer le Prix du meilleur scénario lors de la 30e édition du prestigieux Festival international de cinéma de Montréal ainsi que le Prix du public au Festival du film slovène.

La même année, il a tourné le documentaire „Die Flucht der Frauen“ (la fuite des femmes). En 2010, son téléfilm
„Hopfensommer/Le Temps du Hublon“ (Réalisation) a eu une belle audience . En 2013, il a entreprisà Berlin letournage de „Das Ende der Geduld/La patience a des limites“ dont la première a eu lieu en juin 2014 au Festival de cinéma de Munich, avant d’être présenté en sélection dans divers festivals internationaux  (Montréal, Semaine du cinéma allemand de Madrid, Buenos Aires ainsi qu’au Festival de la Fiction TV/La Rochelle 2015). Martina Gedeck a été récompensée par la Caméra d’or allemande de la Meilleure actrice . La diffusion de La patience a des limites sur l’ARD (première chaîne publique allemande) a été unanimement saluée par la critique et a suscité un débat animê sur les problèmes de société évoqués dans le film.

Les films de Christian Wagner - dont les droits ont été vendus dans plus de 20 pays - ont été présentés dans de nombreux festivals internationaux et est en Allemagne l’un des réalisateurs les plus reconnus de sa génération.

Certains films de Christian Wagner sont également disponibles en DVD avec des sous-titres français